Bereits vor dem Bau der Klosterkirche existierte auf dem Gelände eine dem hl. Nikolaus geweihte Kapelle. Der spitalheilige Nikolaus ist unter anderem auch Patron der Pilger, Schiffer und Reisenden. Als die Kreuzherren ab 1480 ihre Klosterkirche in der Tradition der Bettelordenskirchen bauten, übernahmen sie den hl. Nikolaus als deren Schutzpatron.
1751 brannte die ursprünglich gotische Klosterkirche und das Klostergebäude aus (ursprünglich dicht an der heutigen Klosterstrasse postiert). Erhalten blieb nach dem Brand lediglich das Gebäude mit den Speise- und Schlafsälen, sowie Küche (heute Gaststätte "Altdeutsche Bier- und Weinstube" jetzt "Pannekokenbacker").
1756 entstand nun das Gotteshaus als barocke Saalkirche. In den wuchtigen Mauern, die aussen durch Strebepfeiler gestützt werden, befinden sich beiderseits sechs hohe, rundbogige Buntglasfenster. An den oberen Wandrundungen und an der Decke befinden sich feingearbeitete Stuckornamente. Das Ensemble der Altäre haben Meister aus dem Erkelenzer Raum geschaffen. Der Rokoko-Hochaltar besteht aus dunkelbraunem Holz, mit reichlicher Goldverzierung. Kanzel mit Baldachin und die beiden Beichtstühle sind mit einfachen Rokoko-Ornamenten harmonisch eingepasst. Dies gilt ebenso für die weiteren Holzarbeiten: Chorgestühl und Kommunionbänke. Bei der Wiederherstellung der Barock-Orgel konnten wesentliche Teile, die aus dem Ursprungswerk des Jahre 1604 stammten, einbezogen werden.
Die französische Regierung säkularisirte das Klostergebäude im Jahre 1802, die Kirche wurde zur Pfarrkirche bestimmt, stand somit fortan auch der Bevölkerung zur Verfügung. Vorher mussten die Brüggener Kirchgänger den weiten Weg zur Pfarrkirche St. Peter in Born zurücklegen.
1967 wurde die Klosterkirche nach Westen erweitert, ein neuer Chorraum angebaut, der ehemalige Kapitelsaal des Klosters als Seitenschiff mit einbezogen.